• Genel Müdür Yardımcılığı-1

  • Koordinasyon ve Uygulama Daire Başkanlığı
  • Mühendislik Hizmetleri Daire Başkanlığı
  • Malzeme Yönetim Daire Başkanlığı

• Genel Müdür Yardımcılığı-2

  • Bütçe ve Strateji Daire Başkanlığı
  • Tedarik Daire Başkanlığı
  • İnsan Kaynakları ve İdari İşler Daire Başkanlığı

• Bağlı Birlikler

  • İstanbul Tersanesi Komutanlığı
  • Gölcük Tersanesi Komutanlığı
  • İzmir Tersanesi Komutanlığı
  • Aksaz Tersanesi Komutanlığı
  • Mersin Tersanesi Komutanlığı
  • Envanter Kontrol Merkezi Müdürlüğü